Utjecaj na naselje posidonije može biti i fizički, pri čemu npr. sidreni blokovi i lančanici uzgajališta mehnički oštečuju naselje. Fizičko zasjenjenje konstrukcijom uzgajališta i smanjena prozirnost mora koja se zbog eutrofikacije javlja u blizini uzgajališta mogu se negativno odraziti na fotosintetske procese u najdubljim područjima livade. Zbog povećane količine hranjivih tvari u stupcu mora, povečava se i razvoj epifita na listovima posidonije (organizmi koji rastu na listovima), a koji dodatno smanjuju biljci dostupnu količinu svjetlosti. Povećani razvoj alga zbog hranjivih soli prati i povećani razvoj herbivornih organizama, posebno ježinaca, koji onda znatnije brste i listove posidonije. Povečana sedimentacija zatrpava sporo rastuće rizome (stabalca). Razvoj anoksičnih stanja u sedimentu i razvoj otrovnih plinova negativno se odražava na fiziološke procese u biljci. U svakom slučaju, kavezni uzgoj riba u neposrednoj blizini ili iznad livada posidonije, sigurno dovodi do njenog značajnog i gotovo nepovratnog oštećenja.
Kako je u priobalnom području Hrvatske morska cvjetnica Posidonia oceanica široko rasprostranjena, tek je manji broj uzgajališta koja nisu smještena u njenoj blizini. To je lokalno dovelo do degradacije livada, međutim ukupni razmjer utjecaja nije poznat (Slika 3).
Istraživanja utjecaja na zajednice alga stjenovitog dna koja su provedena u Hrvatskoj, pokazala su da unutar zajednice alga u blizini kaveznih uzgajališta riba dolazi do kompleksnih promjena. Promjenjeni ekološki čimbenici omogućuju razvoj netipičnih vrsta alga za ta područja, a pojedine vrste se razvijaju u neuobičajno velikim količinama. Tako zbog povečane količine organske tvari može doći do razvoja nitrofilnih vrsta alga kao što su zelena alga Ulva rigida (morska salata) ili smeđih alga Colpomenia sinuosa, Scytosiphon lomentaria i predstavnika reda Ectocarpales, a koji su tipični organizmi organskom tvari opterečenih područja (Slika 4 i 5). Na nekim je područjima zabilježen i neuobičajeni razvoj bentoskih dijatomeja koje su na morskom dnu između 10 i 20 m dubine razvijale nitaste prevlake promjera do 1,5 m, potpuno prekrivajući sesilne, nepokretne organizme (Slika 6). Njihov je iznimni razvoj zabilježen i u području plime i oseke gdje su razvijale sluzave smeđe prevlake (Slika 7). 
Unutar naselja alga, a u blizini kaveza za uzgoj riba često dolazi do iznimnog povečanja brojnosti ježinaca Paracentrotus lividus i Arbacia lixula (Slika 8). Osim povećane brojnosti ovi se ježinci šire i prema većim dubinama od uobičajnog područja njihove dubinske rasprostranjenosti. Brojni ježinaci često u potpunosti obrste alge, a u slučaju da je u blizini livada posidonije, šire se i unutar naselja ove cvjetnice i  značajno je oštećuju. Nije jasno što dovodi do čestih eksplozija brojnosti ježinaca u blizini uzgajališta, ali razlozi mogu biti kompleksni.
Utjecaj kaveznog uzgoja riba na bentoske organizme u Hrvatskoj je praćen i na sedimentnim dnima na kojima nije razvijena livada morske cvjetnice Posidonia oceanica. Ovakva se istraživanja obično obavljaju na dubinama od 35 do 50 m. Međutim, zbog zahtjevnog i razmjerno opasnog ronjenja na ovim dubinama, ovakva su istraživanja sporadična. Najveći je utjecaj vidljiv neposredno ispod kaveza. Istraživanje jednog uzgajališta tuna postavljenog podalje od obale na dubini od 54 m i na području sa značajnim strujama, pokazalo je kako unatoč svim povoljnim predispozicijama, na morskome dnu dolazi do značajnih promjena. Sediment je postao muljevit i prepun ostataka riblje hrane (ljuske i kosti). U stupcu morske vode neposredno iznad morskoga dna bila je prisutna velika količina suspendiranih čestica zbog kojih do dna gotovo nije dopiralo okom vidljivo sunčevo svjetlo premda bi na toj dubini tijekom dana trebala biti dobra vidljivost. Značajna količina nepojedene hrane koja je padala na dno pogodovala je razvoju brojnih strvinara kao što su rakovi samaci iz roda Pagurus (Slika 9).